고충이 많으시겠군요^^

RW에서 버퍼 언더런 에러는 여러가지 요인에 의해 발생할 수 있습니다..
먼저  윈2000의 모체는 NT based로 되어 있어서
운영체제내에서 사용되어지는 메모리 자원이 상당이 큽니다.
Operation System에서 사용되어지는  System resource와
System reserved resource 활용이 이전 운영체제에
비해 상대적으로 Data를 고속으로 기록하는 빠른 버퍼링
과정이 Memory resource 와 CPU resource의 공유 부담을 크게하여
결국은 버퍼링 과정에서 실패할 수 있습니다.
E-IDE 방식의 RW의 단점은 다이렉트 카피를 할때 더욱 버퍼 언더런 발생
이 크죠.. 그러나 카피하실때마다 에러가 뜬다면 기록시 Test mode로 실행 후 버퍼링 과정을 사전 체크한 후 데이터 기록이 될 수 있도록 사용해 보시기기 바랍니다..

그리고 M/B는 어떤 칩을 이용하시는 지 모르겠지만 제조업체에서 제공하는
IDE 패치를 해서 문제를 해결 할 수도 있습니다..
그래도 마찬가지면 CDROM과 RW의 MASTER / SLAVE 를 바꿔주어 해결을 볼 수도 있죠.. 
도움이 되셨으면 좋겠군요^^