서기 2065년 보이지 않는 에일리언들의 공격으로 지구의 인간들은 대부분 파멸되고 살아남은 자들은 다시 재기를 위해 에일리언들과의 전쟁을 벌여나간다.
이에 시드박사는 방벽도시를 건설하고 그안에 있으면 에일리언들이 들어올수 없기에 그곳에서 인간들은 재기의 기회를 노린다 그러던중 아키(여주인공)와 시드박사는 가이아 이론이라는 이론을 발표하자 의회에서는 많은 논쟁이 벌어진다
이 가이아 이론이란 모든 것에는 영혼이 있고 영혼들이 신체를 빠져나가면 가이아라는 알 수 없는 곳으로 간다고 한다.
이에 에일리언들로 인해 어린 딸과 아내를 잃어 에일리언들을 무족건 죽여야 한다는 헤인장군은 그 이론에 반박하며 제우스라는 막강한 무기를 이용해 에일리언들을 섬멸해야 한다고 위원회에 이의를 제기 한다. 이에 아키와 시드박사는 시간을 달라며 영혼들을 찾아 떠난다.
아키는 메일밤 꿈을 꾼다 에일리언들이 어떻게 지구에 왔는지......
이 에일리언들은 다른 행성에 살고 있었는데 운석이 그 행성에 떨어지면서 거대한 폭발을 일으킨다 그로서 에일리언들은 모두 죽고 그 영혼들은 운석에 붙어 우주를 떠돌다가 지구에 떨어진다 떨어진 운석으로부터 나온 에일리언들의 영혼들은 지구의 모둔 생명체로 영혼을 흡수한다. 이런 사실을 안 아키는 시드 박사와 의논 끝에 아키의 남자 친구이자 육군 엘리트 장교인 그레이와 함께 에일리언들을 없엘수 있다는 영혼들을 찾기 위해 모험을 떠난다 드디어 8개의 영혼중 남은 1가지 영혼을 찾기위해 운석이 떨어진곳으로 간다
그곳엔 많은 에일리언들이 있었지만 그레이와 아키는 에일리언에 대한 고역을 막을수 있는 특수한 자동차 덕에 외계인의 공격으로부터 무사히 탐사 할 수 있었다 그때 헤인장군은 가는 날이 장날이라고 아키가 있는 운석주변에 제우스라는 어마어마한 무기로 지구 밖에서 제우스가 설치된 우주정거장에서 폭격을 시작한다 하지만 계속되는 공격에 운석으로부터 에일리언들은 더 많이 나오기 시작하고 제우스는 광선에너지인 관계로 계속되는 공격에 폭격하는 우주선이 에너지 과부하로 폭발하며 헤인장군은 불후의 인생을 마친다.
아키와 그레이는 눈앞에서 제우스로 인해 제8의 영혼인 에일리언을 놓처버린다. 하지만 아키는 자기 자신이 제8의 영혼임을 알게되고 그 영혼을 에일리언들에게 전해 줄려고 한다 끝내 그레이가 희생을 하며 에일리언들에게 영혼들은 전달하며 에일리언들은 없어지며 아키는 홀로 남게 된다.
하늘엔 독수리인지 매같은 새가 날아가는 평화로운 풍경이 풀 3D로 깔끔하게 잘 처리되면서 파이널환타지의 OST가 흘러나오며 영화는 막을 내린다