저도 그게 궁금했는데 답변중에 찾아볼려고 해도 명쾌한 답이 없어서 판매처에 직접 전화를 해보았습니다. 결론부터 말하자면 내용은 다른게 전혀 없다고 합니다. 매트릭스도 런닝타임이 136분인데 SE버젼도 136분으로 같은걸 확인했구요. 다만 제작과정 같은게 들어간게 SE라고 하네요. 어떤분은 사은품 같은거에 따라서 출시하는 이름이라고 하는데 전혀 무관하다는 답변 들었습니다.
SE버젼은 보통 두번째장에 제작과정 같은데 담긴다고 합니다. 그래서 개인적인 결론은 립하시는 분들이 진정 SE버젼으로 립을 하실려고 한다면 제작과정도 립을 해야 진정한 SE버젼이 될 듯 싶네요. 참고로 디렉터리컷(감독판이라부르죠) 이버젼의 경우 내용이 더 있을수 있다고 합니다. 근데 보통 감독판은 무조건 내용이 덧붙여졌다고 생각하는데 99%는 맞는 말이지만 감독판의 의미자체는 감독의 의도한바의 원래영화 내용으로써 편집전 영화라는 의미라고 합니다.