외계 물체가 지구에 착륙해 어딘가로 신호를 보낸다. 그 신호를 따라 우주로 떠나는 살바레호. 위험한 임무를 맡은 니코와 대원들은 초반부터 역경과 갈등에 부딪친다.
살바레호의 산소가 고갈되고 있다. 산소를 얻기 위해, 미지의 행성을 탐사하는 대원들. 에릭은 니코의 소식이 끊겨 애태우면서도, 끈질기게 외계 물체의 비밀을 풀려 한다.
몇몇 대원에게 이상한 증세가 나타난다. 떠돌이 행성에서 바이러스가 묻어온 걸까. 고장 난 우주선과 씨름하면서, 원인을 찾으려는 니코. 그녀마저 감염 증세를 보인다.
동면에서 깨어나지 못하는 니코. 시간은 없고 식량은 부족한데, 결단을 내릴 사령관은 악몽 속에서 헤매고 있다. 너무 늦기 전에, 니코는 대원들 곁으로 돌아올 수 있을까.
물과 생명이 있는 위성. 그곳에서 대원들은 또 다른 외계 물체를 발견한다. 그 물체와의 최초 접촉은 자신의 권한이라 주장하는 사샤. 니코는 카스의 비밀을 알게 된다.
윌리엄에게 이상이 생긴다. 급박한 상황에서 우주선과 대원들을 지키려는 니코. 그녀와 카스의 인연은 어떻게 시작됐을까. 사샤는 그에게 말을 거는 환영에 시달린다.
새로운 각도로 외계 물체에 접근하는 에릭. 하지만 뜻밖의 결과가 그를 기다리고 있다. 암흑 물질 영역을 앞둔 살바레호에서는 사샤가 윌리엄에 관한 정보를 캐고 다닌다.
살바레호가 암흑 물질 영역에 진입한다. 그 안에서 격한 감정에 휩쓸리는 대원들. 그사이 사샤는 윌리엄의 약점을 노리고, 지구에서는 에릭이 절망적인 소식을 접한다.
살바레호를 자기 뜻대로 통제하는 사샤. 윌리엄이 없으면 이 위기에서 벗어날 수 없다. 니코의 진심은 윌리엄에게 닿을 수 있을까. 에릭은 하퍼에게서 희망을 발견한다.
마침내 목적지에 도착한 살바레호. 경악할 만한 진실이 니코와 대원들을 기다린다. 우주와 지구에서, 각자 선택에 직면한 니코와 에릭. 그들은 어떤 운명을 맞이할까.
행성이 파괴되었다. 당장 여기를 벗어나라! 힘의 장 덕분에 간신히 충격파 속에서 안정을 되찾은 살바레호. 한편, 니코는 새로운 AI를 만든 윌리엄의 판단력을 의심한다.
협상을 위해 홀로 아카이아족에게 간 니코. 카스는 니코를 구하기 위해 이아라를 아카이아 우주선에 보내기로 한다. 그러나 애초에 이 모든 게 이아라의 탈출 계획이었다면?
서로 다른 시공간에서 아카이아족에 맞서 싸우는 니코와 카스. 살바레호 대원들은 아카이아족을 물리칠 방법을 알아낸다. 그러나 문제는 대원 한 명을 희생시켜야 한다는 것.
남친 때문에 작전을 망쳤다고? 견인 광선을 끊은 범인으로 의심받는 이아라. 윌리엄은 자신의 시스템에서 손상된 부분을 탐지하고, 카스는 거주 가능한 행성을 발견한다.
지구 대체 행성으로 합격! 그러나 정체불명의 생명체가 대원을 공격한다. 껄끄러움을 뒤로 하고 함께 협력하는 리처드와 이아라. 한편, 에릭은 아카이아족과 협상을 시도한다.
살바레호 대원들이 웜홀을 통과해 지구로 귀환한다. 놀라운 아카이아 기술력을 확인한 에릭. 아카이아족에 협조하는 대가로 마지막 부탁을 한다. 사랑하는 아내를 구해달라고.
구조대를 기다릴 것인가, 길을 뚫을 것인가. 니코와 리처드는 지구로 갈 방법을 강구하던 중, 괴생명체와 추격전을 벌인다. 살바레호 대원들은 장시간 혹독한 취조를 받고.
저들은 누구고, 여긴 어디인가. 정체불명 생명체의 잔인한 실험 대상이 된 니코와 리처드. 살바레호 대원들은 자신들의 머릿속에서 지워진 기억을 알아내기 위해 분투한다.
니코와 리처드가 위험을 무릅쓰고 외계 물체가 있는 행성에 착륙한다. 지구로 돌아갈 수만 있다면 뭔들 못하리. 한편, 윌리엄과 협력해 잠입 작전을 펼치는 에릭과 카스.
무리한 요구사항을 내걸며 지구를 위협하는 아카이아족. 살바레호 대원들은 자멸의 길을 선택하느니 반격을 시도해 보기로 한다. 누군가의 희생이 필요하다고 할지라도.